Ez az állítás azért fontos, mivel egy későbbi szerző, Jáqút (1179-1229) szerint 1051-ben Tughril bég szeldzsuk szultán elrendelte az épület lebontását, és átépítését. Nászir-i Khuszrau leírása alapján azonban csupán kisebb, az épület egészét nem érintő munkálatok lehettek a mecsetben. A két remekművű szeldzsuk kupolacsarnok mégis örök időkre e dinasztia nevével fonta össze a műemléket. Nizám al-Mulk műve a déli, qiblaoldali kupola, amint arról egy felirat is megemlékezik. Pár évvel később Tádzs al-Mulk, a nagyvezír vetélytársa az átellenes oldalon saját kupolát építtetett: az ún. szürke kupolát (Gunbad-i Khákí, 1. kép). Sokan ezt tartják a perzsa építészet legszebb kupolájának, és tény, hogy kevés olyan architektúrát ismerünk, amelyben a szerkezet és a dekoráció ilyen tökéletes egységet alkotna. Belső koránfeliratai az égbolt és a világegyetem teremtésével kapcsolatosak, azaz a kupola szimbolikus jelentőségére utalnak. Mindkét kupola előtt ejvánhomlokzat áll, amelyhez hasonlók a kupola nélküli nyugati és keleti udvarrészen is vannak (2. kép). De míg délen a két elem közvetlenül egymáshoz csatlakozik, addig az északi, újabb csarnokban az ejvánon túl még egy hosszú, boltozott szakaszon is át kell haladni, hogy a látogató eljusson a kupolatérbe. Ez az elrendezés szokatlan, sok találgatásra adott okot, és Nizám al-Mulk kupolájához képest – amelynek látványos minaretpárja csupán kései, 17. századi alkotás – még különösebbé teszi a Gunbad-i Khákít.